La Antigua,Insigne y Real Cofradía de Nuestro Padre Jesús Nazareno y María Santísima de los Dolores, se fundó en fecha incierta aún no documentada, que debe estar entre 5 de junio de 1588, día de apertura del Convento de San José de los PP. Carmelitas Descalzos y 29 de abril de 1594, fecha en la que se documenta, por ahora, la referencia documental más antigua sobre la existencia de la Cofradía.
Abierto el Convento de San José, los PP. Carmelitas Descalzos quisieron instaurar en él la devoción a Jesús Nazareno tan propia de la Orden desde que, según tradición, en 1588 la efigie de Jesús cargado con la cruz figurada en una pintura existente en el convento de Segovia le habló a San Juan de la Cruz. Con tal fin, los religiosos en unión con varios labradores del arrabal de la Puerta de Granada, recaudaron limosnas para hacerse con una imagen de Jesús Nazareno que colocaron en su iglesia y en torno a la que pronto prendió la devoción de los fieles, lo que dio lugar muy pronto a la fundación de la cofradía.
Para ello es muy posible que se tomaran del convento de Baeza las ordenanzas de la cofradía allí establecida, que a su vez se habían basado en las del convento de Granada, pues los carmelitas descalzos tenían unas reglas modelo a las que se acomodaban las que se iban fundando.
Si sabemos que el fundador fue Juan de Orozco Godoy, familiar del Santo Oficio y marido de Dª Ana de Barrionuevo y hermano del presbítero Licenciado Luis Orozco Godoy y del platero Diego Orozco Godoy. En un principio la cofradía se denominó “Cofradía de la bienaventurada Santa Elena” y también se conoció por “Cofradía de las Cruces” o de “los Nazarenos” en razón a que sus hermanos hacían penitencia caminando descalzos en la procesión de la madrugada del Viernes Santo, portando una pesada cruz al hombro y un ramal de esparto al cuello en señal de penitencia.
Sería muchos años después cuando dio en el uso de titularse “Cofradía de N. P. Jesús Nazareno”.
En el siglo XVIII la devoción había aumentado de tal modo, que la acción conjunta de los Carmelitas Descalzos y la Cofradía consiguió que la imagen de N. P. Jesús se asociara habitualmente a las celebraciones públicas de la ciudad, lo que difundió su renombre, de forma tal que con el siglo XIX la Cofradía acabó por convertirse en la más significativa de Jaén, integrando en sus filas a todas las clases sociales y consiguiendo un especial carisma que todavía es perceptible.