Los avatares de los tiempos han motivado que la imagen y la Cofradía radicaran sucesivamente en distintas sedes.
En principio estuvieron en el Convento de San José, de los PP. Carmelitas Descalzos.
En 1617, las desavenencias entre los carmelitas y los cofrades motivaron la marcha al convento de la Merced, donde se permaneció hasta 1635, en que se volvió al convento descalzo de San José. Las leyes desamortizadoras de José I obligaron a trasladarse a la Catedral, en 1810, permaneciendo allí hasta 1814.
Con la Desamortización de Mendizábal que cerró el convento carmelitano, hubo que acogerse a la parroquia del Sagrario durante los años 1836-1846.
De allí se pasó al convento de la Merced donde se estuvo los años de 1846 a 1953.
La ruina del convento motivó un traslado provisional a la parroquia del Sagrario durante los años 1953 a 1961.
Luego se retornó a la Merced durante el periodo 1961-1970.
En 1970, luego de arduas negociaciones, se pasó a la Catedral donde se permanece hasta noviembre de 2009 en que venturosamente la imagen y cofradía vuelven a su sede fundacional del convento de San José.
A partir de noviembre 2009 la sede canónica de la Cofradía es el Santuario Iglesia de San José y Camarín de Jesús.
